Với tổng số 7 đoàn viên giáo viên, trong năm học 2012-2013, chi đoàn là cánh tay đắc lực của ban lãnh đạo nhà trường. Chi Đoàn đã tổ chức liên đội nhà trường tham gia các hoạt động tạo nên những phong trào thi đua sôi nổi, góp phần hoàn thành tốt nhiệm vụ năm học. Tiếp tục phát huy những thành tích đó, chiều ngày 20/09/2013, được sự chỉ đạo của Chi bộ nhà trường, chi đoàn Trường THCS Trần Quang Khải đã tổ chức đại hội chi đoàn nhiệm kì 2013 – 2014 nhằm đề ra những phương hướng hoạt động mới, khẳng định quyết tâm giữ vững những thành tích đã đạt được và sẽ tiếp tục phát huy thế mạnh của mình. Với sức trẻ năng động, nhiệt tình trong mọi công việc, Chi Đoàn sẽ tiếp tục chỉ đạo Đội tổ chức những hoạt động truyền thống giáo dục đạo đức, sinh hoạt đội viên lớn tuổi trong trường học và các hoạt động văn hóa văn nghệ, thể dục thể thao;…Qua buổi đại hội, các đoàn viên đều nhận thức được rằng: Đại hội đã thực sự khích lệ tinh thần đoàn kết, ý chí phấn đấu và ý thức trách nhiệm trong cuộc sống cũng như trong công việc dạy học của mỗi đoàn viên giáo viên. Đại hội đã chọn ra hai đồng chí vào ban chấp hành chi đoàn: